news 2026/9/29 6:32:30

有参转录组gene_counts.txt文件所有结果为0问题排查

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张小明

前端开发工程师

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有参转录组gene_counts.txt文件所有结果为0问题排查
head -5 ./ref/genomic.gtf
#先检查 GTF 结构 grep -v "^#" ./ref/genomic.gtf | cut -f3 | sort | uniq | head -20
#先检查 GTF 结构 grep -v "^#" ./ref/genomic.gtf | grep -m 3 "gene_id"
#检查 BAM/GTF 染色体名是否一致 samtools idxstats ./04_bam_sorted/TA1.sorted.bam | head
#检查 BAM/GTF 染色体名是否一致 grep -v "^#" ./ref/genomic.gtf | cut -f1 | sort | uniq | head -20
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